La Orden de San Lázaro está organizada de acuerdo a los países. Tiene delegaciones en 21 países que reúnen una gran red. En cada país, la Orden de San Lázaro es distinta de la organización de sus trabajos caritativos y humanitarios. Estos últimos se ejercitan bajo la identidad internacional:
En cada país, los miembros tienen la responsabilidad de organizar la búsqueda de fondos para sus trabajos. Estos fondos vienen de individuos privados (cartas, funciones de caridad, donaciones, etc.), empresas a través de asociaciones, o grupos a través de patrocinios.
Cada país es responsable de la utilización de estos fondos y los destina a programas de caridad y humanitarios, inicialmente en sus propios países, y segundo en el extranjero para apoyar programas internacionales de mayor importancia.
En el ámbito mundial, un comité internacional coordina la Orden de San Lázaro y sus trabajos caritativos y humanitarios. Decide las políticas de desarrollo, las estrategias, los proyectos y las direcciones a seguir por la Orden y sus trabajos humanitarios.
Este comité tiene su sede en Suiza, en Zúrich; esta es la sede central administrativa internacional.
